Missions et prestations
La section des affaires militaires gère l'obligation de servir (y compris les obligations hors service) des citoyens astreints aux obligations militaires domiciliés dans le canton, ainsi que la taxe d'exemption de l'obligation de servir.
En outre, la section est responsable de l'entretien courant des infrastructures du site de Colombier, tant celles mises à disposition des partenaires militaires que celles utilisées à l'interne de l'État.
Sur mandat de la Base Logistique de l'Armée (BLA), la section des affaires militaires assure également l'emmagasinage, la gestion, le conditionnement et la remise du matériel personnel des militaires.