Le médecin cantonal est chargé de toutes les questions médicales concernant la santé publique, selon l'article 10 de la loi de santé, notamment :
du contrôle et de la surveillance de l'exercice des professions médicales
du soutien et du conseil aux institutions de santé dans le domaine du contrôle de l'infection
de la surveillance relative à la procréation médicalement assistée.
Il est également l'autorité compétente pour :
recevoir l'avis de toute interruption de grossesse au sens de l'article 119, alinéa 5, CP
recevoir le signalement des autorités administratives ou judiciaires selon l'article 39
se prononcer sur les demandes de participation financière de l'État au coût des traitements hospitaliers médicalement justifiés fournis hors canton au sens de l'article 41 de la loi fédérale sur l'assurance maladie (LAMal)
Il accomplit les autres tâches qui lui sont confiées par les législations fédérales, notamment celles de diriger les mesures à prendre contre les maladies transmissibles sur la base de la loi sur les épidémies.
Le médecin cantonal est rattaché au Service de la santé publique et collabore étroitement avec la pharmacienne cantonale, le vétérinaire cantonal et le chimiste cantonal. Il fait également partie de l'Association des médecins cantonaux de Suisse.