Sauvegarder et valoriser le patrimoine archéologique neuchâtelois constituent les principales missions de la section Archéologie de l'OPAN. Lorsque ce patrimoine est exposé aux risques de destruction engendrés par les activités humaines (projets de construction) ou à des facteurs naturels (comme l'érosion par exemple), il est en effet impératif d'en assurer l'intégrité, en réalisant des opérations de diagnostic suivies, le cas échéant, de la mise en œuvre de fouilles extensives.
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Ces missions relevant de l'archéologie préventive sont, le plus souvent, étroitement liées et intégrées aux projets d'aménagement et d'infrastructure réalisés sur l'ensemble du territoire cantonal.
Après plusieurs décennies consacrées au Littoral, et plus particulièrement à la bande autoroutière de la N5, les investigations sont aujourd'hui orientées vers les Vallées et les Montagnes neuchâteloises, des régions jusqu'ici peu explorées d'un point de vue archéologique. À cet effet, un programme multimodal de recherche scientifique est mis en œuvre, alliant prospections, opérations d'archéologie préventive et actualisation des connaissances de gisements anciennement connus, tels les grottes et les abris sous roche.
Les différents travaux sont abordés sous l'angle de l'interdisciplinarité, plus particulièrement en interaction avec les sciences de la Terre.
Au gré de l'avancement des recherches sur le terrain ou dans les archives, les découvertes archéologiques en terre neuchâteloise sont systématiquement recensées. Les données ainsi collectées servent à l'établissement de la carte archéologique cantonale. Cet inventaire permet, en outre, la gestion performante du risque archéologique dans les différentes procédures existantes en matière d'aménagement du territoire.
En 2011, les sites palafittiques préhistoriques autour des Alpes ont été inscrits au Patrimoine mondial de l'UNESCO. Ce classement, qui résulte d'une action commune entre six nations dont la Suisse, a pour objectif de protéger ce patrimoine exceptionnel pour les générations futures et de le faire connaître au plus grand nombre. À l'échelle cantonale, la section Archéologie répond, auprès de l'UNESCO, de l'application de mesures adaptées à la sauvegarde et à la valorisation de ces sites fragiles : monitoring technique et documentaire, contrôle sanitaire, recherche scientifique. Le laboratoire de dendrochronologie assure notamment la datation et l'élaboration des plans des villages palafittiques, classés ou associés.
Observer, décaper, documenter, prélever… sont autant de gestes et de pratiques essentiels à la sauvegarde patrimoniale, mais qui restent vains s'ils ne sont pas valorisés, d'abord par l'étude des vestiges archéologiques ainsi que par l'analyse des données recueillies, puis par la transmission des informations aux chercheurs et au public.
Les résultats des recherches sont diffusés par le biais de publications dans des revues scientifiques spécialisées et des ouvrages de vulgarisation. La série Archéologie neuchâteloise est en charge de l'édition, sous forme de monographies, des travaux archéologiques majeurs du canton.
