Le loup est également une espèce protégée au niveau européen selon le texte suivant : 
 Gestion du loup / organisation
Le service de la faune, des forêts et de la nature est en charge du suivi du loup, des expertises en cas d'attaques sur des animaux de rente et de l'indemnisation des dommages. Le service met également en oeuvre les mesures de régulation prévues par le droit fédéral.
Dans le domaine de la sensibilisation et de l'information, le service préside et anime le groupe d'accompagnement Grands prédateurs, constitué de représentants du monde agricole, de la chasse et de la protection de la nature.
Le Service participe également à la Conférence Intercantonale Région Jura. Cette conférence présidée par la Confédération porte sur la gestion des grands prédateurs et regroupe l'ensemble des cantons de l'Arc jurassien. Une coordination est également assurée au niveau franco-suisse par la tenue de rencontres techniques régulières.
Dommages causés aux animaux de rente
Les dommages causés par la faune sauvage aux animaux de rente doivent être annoncés à un garde-faune dès leur constatation.
Le garde-faune examinera ensuite si les dommages signalés peuvent donner lieu à une indemnisation. Au besoin, il procédera à une expertise des dégâts. 
L'évaluation du montant de l'indémnisation est faite par la chambre cantonale d'agriculture et de viticulture, sur la base des tableaux d'estimation publiés par les associations suisses d’élevage reconnues.
Pour plus d'information, veuillez consulter :
 
Liste des dommages aux animaux de rente
| 22.09.2023 
 | Neuchâtel 
 | 1 veau 
 | Non conformes 
 | 
| 01.10.2023 
 | Brot-Plamboz 
 | 5 moutons 
 | Non conformes 
 | 
| 04.10.2023 
 | Val-de-Ruz (Les Geneveys-sur-Coffrane) 
 | 9 moutons 
 | Conformes 
 | 
| 05.10.2023 
 | Val-de-Ruz (Fenin-Vilars-Saules) 
 | 1 mouton 
 | Non conformes 
 | 
| 12.10.2023 
 | Val-de-Ruz (Chézard-Saint-Martin) 
 | 3 moutons 
 | Non conformes 
 | 
| 23.10.2023 
 | Les Ponts-de-Martel 
 | 4 moutons 
 | Non conformes 
 | 
| 25.10.2023 
 | Rochefort 
 | 3 moutons 
 | Non conformes 
 | 
| 03.11.2023 
 | Brot-Plamboz 
 | 1 chèvre 
 | Non conformes 
 | 
| 23.07.2024 
 | Les Verrières 
 | 1 chèvre morte, 1 chèvre disparue 
 | Non conformes 
 | 
| 22.08.2024 
 | Val-de-Travers (Travers) 
 | 4 moutons morts, 1 mouton disparu 
 | Non conformes 
 
 | 
| 03.09.2024 
 | La Chaux-du-Milieu 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 19.09.2024 
 | La Chaux-du-Milieu 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 24.09.2024 
 | Val-de-Travers (Boveresse) 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 29.09.2024 
 | La Côte-aux-Fées 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 05.10.2024 
 | Val-de-Travers (Boveresse) 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 
 | 
| 09.10.2024 
 | Val-de-Ruz (Chézard-st-Martin) 
 | 1 mouton mort, 2 moutons blessés 
 | Non conformes 
 
 | 
| 08.11.2024 
 | Val-de-Travers (Buttes) 
 | 2 moutons 
 | Non conformes 
 | 
| 28.01.2025 
 | Brot-Plamboz 
 | 4 cerfs d'élevage 
 | Non conformes 
 | 
| 16.03.2025 
 | La Côte-aux-Fées 
 | 1 veau 
 | Conformes 
 | 
| 10.05.2025 
 | Les Verrières 
 | 1 vache 
 | Conformes 
 | 
| 19.05.2025 
 | La Chaux-du-Milieu 
 | 1 chèvre 
 | Non Conformes 
 | 
| 14.07.2025 
 | La Brévine 
 | 1 chèvre 
 | Conformes 
 | 
| 22.07.2025 
 | Val-de-Travers (St-Sulpice) 
 | 4 chèvres 
 | Conformes 
 | 
| 06.08.2025 
 | Le Cerneux-Péquignot 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 08.08.2025 
 | Les Ponts-de-Martel 
 | 1 génisse morte, 1 génisse blessée
 
 | Conformes 
 | 
| 13.08.2025 
 | La Brévine 
 | 1 chèvre 
 | Conformes 
 | 
| 24.08.2025 
 | Val-de-Travers (Travers) 
 | 1 mouton 
 | Non Conformes 
 | 
| 25.08.2025 
 | La Brévine  
 | 1 génisse morte, 4 génisses blessées
 
 | Conformes 
 | 
| 29.08.2025 
 | Brot-Plamboz 
 | 1 veau 
 | Conformes 
 | 
| 02.09.2025 
 | La Chaux-du-Milieu 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 03.09.2025 
 | La Chaux-du-Milieu 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 04.09.2025 
 | La Sagne 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 06.09.2025 
 
 | Val-de-Travers (les Sagnettes) 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 12.09.2025 
 | La Brévine 
 | 1 génisse morte, 1 génisse blessée
 
 | Conformes 
 | 
| 13.09.2025 
 | La Brévine 
 | 1 génisse morte, 1 génisse blessée
 
 | Conformes 
 | 
| 16.09.2025 
 | Brot-Plamboz 
 | 1 génisse morte, 1 génisse blessée
 
 | Conformes 
 | 
| 17.09.2025 
 | La Brévine 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 19.09.2025 
 | Val-de-Travers (Les Bayards) 
 | 1 mouton 
 | Non conformes 
 | 
| 23.09.2025 
 | Les Ponts-de-Martel 
 | 1 génisse blessée 
 | Conformes 
 | 
| 23.09.2025 
 | Les Ponts-de-Martel 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 27.09.2025 
 | Val-de-Travers (Couvet) 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 28.09.2025 
 | Val-de-Travers (Les Bayards) 
 | 1 veau 
 | Conformes 
 | 
| 29.09.2025 
 | Val-de-Travers (Travers) 
 | 1 mouton 
 | Non conformes 
 | 
| 11.10.2025 
 | Val-de-Travers (Couvet) 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 15.10.2025 
 | La Sagne | 1 veau blessé 
 | Conformes 
 | 
| 17.10.2025 
 | Val-de-Travers (Couvet) 
 | 1 mouton 
 | Non conformes 
 | 
| 18.10.2025 
 | Rochefort 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
| 21.10.2025 
 | La Brévine 
 | 1 génisse 
 | Conformes 
 | 
 Dernière mise à jour : 22.10.2025
 
Prévention des dommages
En 2025, une nouvelle meute de loups s'est formée dans les montagnes neuchâteloises. Son territoire s'étend de La Brévine, à l'ouest, jusqu'au Cerneux-Péquignot et aux Ponts-de-Martel, à l'est. Une seconde meute, celle de Jougne-Suchet, occupe de manière ponctuelle la partie ouest du Val-de-Travers et de La Brévine. Par ailleurs, quelques loups isolés ont été observés en périphérie de ces deux meutes, dans la région du Val-de-Travers et de La Brévine.
Dans ces zones de présence, les troupeaux de bovins, d'ovins et de caprins sont particulièrement vulnérables, y compris à proximité des fermes et quelle que soit la taille du cheptel. Le canton encourage donc les éleveuses et éleveurs à mettre en œuvre les mesures de protection adaptées à la situation.
Les principales mesures soutenues conjointement par la Confédération et le canton concernent l'installation de clôtures électrifiées, ainsi que l'achat, la formation et l'entretien de chiens de protection des troupeaux. D'autres interventions urgentes peuvent également être subventionnées, pour autant qu'elles aient fait l'objet d'une consultation préalable auprès de l'OFEV. C'est notamment le cas du versement d'indemnités en cas de désalpe anticipée.
Certaines mesures complémentaires relèvent exclusivement du financement cantonal. Elles comprennent en particulier la mise en place de clôtures électrifiées d'une hauteur supérieure aux exigences minimales fixées par le droit fédéral. Par ailleurs, le canton soutient l'association OPPAL pour l'organisation de la surveillance nocturne des troupeaux bovins et prend en charge, dans ce cadre, la compensation du travail supplémentaire assumé par les éleveuses et éleveurs.
La protection des troupeaux a été confiée à la Chambre Neuchâteloise d'Agriculture et de Viticulture (CNAV) qui conseille les propriétaires sur les mesures adéquates. Elle octroie également les soutiens financiers prévus par la Confédération et le canton pour la mise en œuvre. 
Sur mandat du canton, la CNAV a établi un concept de vulnérabilité des troupeaux. Cet outil lui permet de conseiller les propriétaires de troupeaux sur les mesures les plus adéquates dans les secteurs particulièrement exposés. 
Les demandes ou questions au sujet de la protection des troupeaux sont à adresser au préposé cantonal, Monsieur Luca Raboud (032/889 36 48, Luca.Raboud@ne.ch), CNAV, Rte de l'Aurore 4, 2053 Cernier. 
Pour plus d'information, veuillez consulter :
Mesures de gestion
Autorisations de régulation
Régulations 2025