Le SSCM est organisée en trois sections, chapeautées par une direction.
Direction du service
La direction du service est assurée par le chef de service, épaulé par son adjoint, ce dernier étant notamment responsable de la planification stratégique, de la gestion de projets et de tâches d'état-major. Pour les tâches administratives, financières et de ressources humaines, la direction est appuyée par le responsable AFRH.
ORCCAN
Dans le cadre de l'organisation de gestion de crise et de catastrophe du canton de Neuchâtel (ORCCAN), le chef de service assure le rôle de chef de l'état-major cantonal de conduite (EMCC) et son adjoint assure sa suppléance. Les officiers d'état-major de la section protection de la population se constituent en état-major spécifique à la disposition du chef EMCC.
Section protection de la population
La section Protection de la population est en charge de la coordination des partenaires de la protection de la population, de l'instruction des astreints à la protection civile, de la coordination des constructions des ouvrages de protection, de la gestion du Care Team Neuchâtel, de l'alarme à la population et de la haute surveillance du domaine de la défense incendie.
Section affaires militaires
La section Affaires militaires gère tous les aspects administratifs en lien avec l'obligation de servir. Elle s'occupe également de l'entretien des infrastructures de la place d'arme de Colombier (casernes, places de tirs, terrains d'exercices) et elle assure des prestations logistiques au profit de l'armée.
Section garages de l'État
La section Garages de l'État assure la gestion des véhicules et machines de l'ensemble de l'administration cantonale neuchâteloise.
