Dans le cadre des missions qui lui sont confiées, l'OHER intervient dans plusieurs dossiers stratégiques. En particulier, il prépare les dossiers et assure un suivi dans les instances suivantes:
Comité gouvernemental de la Haute école spécialisée de Suisse occidentale (HES-SO)
Comité stratégique de la Haute école Arc (HE-Arc)
Comité stratégique de la Haute école pédagogique BEJUNE (HEP-BEJUNE)