Les cours d’eaux sont des milieux vitaux qui abritent une flore et une faune riche et caractéristique. Pour qu’ils puisent pleinement jouer leur rôle ils doivent avoir une morphologie et un débit suffisant et tendre vers un état le plus naturel possible. Pour connaître l’état de ce milieu et mettre en évidence ce qu'il faut faire pour l’améliorer, il doit être examiné sous plusieurs angles.
La qualité chimique et bactériologique, la densité et de la diversité de la faune du lit du cours d’eau et des algues, l’examen écomorphologique du lit et la mesure du débit sont les outils diagnostiques qui permettent d’évaluer l’état des cours d’eaux et que le canton met en œuvre.
Planification et renaturation des eaux
Conformément à la loi fédérale sur la protection des eaux (LEaux) le canton de Neuchâtel a rendu fin 2014 les planifications stratégiques en matière de renaturation des eaux exception faite du rapport sur l'assainissement des éclusées sur le Doubs rendu fin juin 2015, avec l'accord de la Confédération.
Les planifications relatives à l'assainissement du régime de charriage et des éclusées sur le linéaire du Doubs franco-suisse des Brenets à Ocourt ont fait l'objet de rapports communs avec le canton du Jura.
L'office fédéral de l'environnement (OFEV) a validé toutes les planifications.
Rapport final assainissement des éclusées canton de NE sans Doubs
Rapport final assainissement des éclusées Doubs NE et canton du JU
Rapport final assainissement du charriage canton de NE sans Doubs
Rapport final assainissement du charriage Doubs NE et canton du JU
Rapport final assainissement de la libre migration piscicole, incluant le Doubs, disponible par le SFFN (Service de la faune, des forêts et de la nature).
Sous surveillance
Depuis le début des années 2000, les cantons de Berne, Fribourg et Neuchâtel mettent en commun leur force et matériel pour surveiller mensuellement leur lacs: Bienne, Morat et Neuchâtel.
Les eaux du lac des Taillères sont échantillonnées très régulièrement.
Tous les mois, des prélèvements d'eau de rivières sont effectués pour analyse dans un des cinq bassins versants du canton.
Résultats des analyses
Le lac de Neuchâtel se porte bien, et nettement mieux depuis l'interdiction des phosphates dans les lessives
La qualité du Doubs est préoccupante. Suite à une mortalité inexpliquée des poissons, les cantons de Neuchâtel et du Jura ont engagé en 2010 des investigations coordonnées visant à en identifier les causes. Une grande étude diagnostique a été menée en 2011. Le canton a réalisé un
diagnostic pluridisciplinaire, ses
annexes et son
rapport de synthèse. Un
plan d'action franco-suisse a été adopté en janvier 2014 pour réduire les impacts.
Pour l'Areuse, cours d'eau le plus important, le bilan se caractérise de façon suivante: la source de l'Areuse et le tronçon supérieur sont de bonne qualité. Après avoir traversé les régions urbanisées jusqu'à l'entrée des Gorges, la qualité se dégrade. Le tronçon entre Fleurier et Noiraigue est caractérisé par des apports en azote, sous les formes les plus toxiques pour l'écosystème aquatique. La qualité de l'eau s'améliore de nouveau par son passage dans les Gorges
