Tirant parti des spécificités du programme et du site, le concept proposé s’inscrit dans une prise en compte simultanée de critères environnementaux, socioculturels et économiques. La démarche repose sur des solutions favorisant notamment une utilisation rationnelle des ressources (sol, énergie, eau), une minimalisation des impacts environnementaux (matériaux à écobilan favorable), un bien être des usagers, une identité dialoguant avec son contexte, une fonctionnalité flexible et une juste adéquation des moyens par rapport aux besoins.
Le projet est labellisé Minergie-Eco et les aménagements extérieurs "nature et économie". En plus du label Minergie-ECO qui garantit une haute performance énergétique et environnementale, le bâtiment Microcity est également inscrit dans le projet Holistic. Ce dernier est un projet Européen qui a pour objectif de réduire la consommation d’énergie fossile dans un quartier urbain de 1.5 km2 de la Ville de Neuchâtel.
Le bâtiment est également raccordé à un réseau d'eau du lac permettant d'optimiser la production de froid industriel. Cette installation permet également de réutiliser l'énergie produite en production de chaleur.
L'ensemble de la toiture sera recouverte de capteurs solaires photovoltaïques dont une partie sera utilisé par l'IMT pour ses propres besoins de recherches.
